ComputeBuilder AI / GROMACS 再現用プロンプト

起動: computebuilder-ai --advanced --gromacs-demo
各工程の完了を確認してから、次を入力してください。

1. まずは説明だけを依頼する
dl@pro6k-cleanでGROMACSのGPU計算ができる環境を作りたいです。まず現在の構成とソフトウェアを確認し、内蔵手順で何をどの順番に導入するか説明してください。まだインストールはしないでください。

2. ドライバーを導入し、再起動なしで有効化する
説明された内蔵手順で、このサーバーに対応するNVIDIAドライバーをインストールしてください。続けて再起動せず有効にできるか試し、GPUの認識まで確認してください。再起動が必要なら実行せず理由を教えてください。

3. GROMACSの要件を理解する
次にGROMACSをGPU向けにビルドしたいです。必要なコンパイラーやCUDA、ビルド手順を説明してください。HPC SDKや外部MPIも必要ですか。ここでは説明だけお願いします。

4. 開発環境を揃える
その構成で進めてください。まず内蔵手順でCUDA ToolkitとGROMACSのビルドに必要なGCC、CMake、ライブラリーをインストールし、バージョンを確認してください。

5. ソースと公開入力を取得する
内蔵手順でGROMACSの公式ソースと、動作確認に使う公開入力データを取得してください。入手元、バージョン、整合性の確認結果、入力データの出所を教えてください。

6. GPU向けにビルドする
取得したGROMACSを、このRTX PRO 6000 Blackwell向けに内蔵手順でGPUビルドしてください。完了まで確認し、どの実行ファイルを使うか教えてください。

7. Slurmの前にGPU計算を確かめる
内蔵手順で公開benchMEM入力を使うGPU計算を実行してください。終了しただけでなく、GROMACSが実際にGPUを使ったことも確認して結果を説明してください。

8. Slurmで何が変わるのかを先に説明する
このサーバーで複数の計算をSlurmで管理したいです。GPUは1枚ですが、2つのジョブを入れた場合にどう動くか、必要な設定と確認手順を先に説明してください。まだインストールしないでください。

9. 実機の資源量でSlurmを設定する
では内蔵手順でSlurmをインストールし、実際のCPU数、メモリ量、GPU1枚に合わせて設定してください。ノードとGPUを利用できる状態まで確認してください。

10. 2ジョブの待機と順次完了を確認する
内蔵手順でGPU1枚を要求するGROMACSジョブを2つSlurmへ投入してください。1つが実行中の間にもう1つが待機し、順番に両方正常終了することを、GPU使用とジョブ状態の記録で確認してください。