HPC・科学計算
HPCクラスター構築（その9）
MPIプログラムを複数ノードを使って実行させる場合、hostfileの作成や、またどのノードが何コア空いているかを調べたりするのに、手間と時間がかかり、思いついてパッと実行することができません。しかし、ジョブスケジューラを使えば、準備やチェックが全く不要で、直ぐにジョブの投入が可能です。今回は姫野ベンチのMPIバージョ
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HPCクラスター構築（その8）
これまでの連載でhpcクラスターを構成するために必要なソフトウェアのインストールと設定は全て終わりました。 現在のところhpcクラスターを構成するノードはhpc01とhpc02の２台だけですが、hpc02をクローンして幾つかのファイルを修正すれば、ノードを増やすことができます。 ...
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HPCクラスター構築（その7）
ジョブスケジューラのインストールと設定を行います。クラスターがバラバラのPC/サーバに比べて非常に便利な点に、ジョブスケジューラが使えることがあります。プログラムのパラメータや入力ファイルを少しづつ変えて、たくさん流してその結果を比較したい場合など、プログラムを多数実行したい場合は多々あります。以下では、それらのプログ
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HPCクラスター構築（その6）
１台のコンピュータではプログラムの実行速度が遅い場合、複数台のコンピュータを使って、実行速度を速くできます。そのために使われる標準的な方法がMPI(Message Passing...
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HPCクラスター構築（その5）
ログインノード（hpc01）でユーザー登録すれば、クラスターの全ノードでそのユーザーが有効になるように設定を行います。
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HPCクラスター構築（その4）
クラスター構築の方針ですが、まず最小構成（hpc01とhpc02）のクラスターを完成させます。その後、hpc02をコピーしてhpc03, hpc04と作っていきます。 今回は hpc01の/homeをNFSでexportして/hpc02で読み書きできるようにします。...
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HPCクラスター構築（その3）
今回の作業は、 1. hpc01をコピーしてhpc02を作成する 2. hpc01でIPマスカレードして、クラスター内（hpc02）からインターネットにアクセス可能にする です。
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HPCクラスター構築（その２）
前回構築したhpc01にログインノードが有すべき機能を加えていきます。 最初にUbuntuを最新の状態にアップデートします。 ネットワークデバイス名をeth0, eth1に変更。 eth0をクラスター内ネットワークに、eth1はインターネット接続用に。 /etc/hostsをクラスター用に変更。...
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HPCクラスター構築（その１）
複数台のコンピュータを使用している場合、クラスター化は必須で、次の利点があります。 1. すべてのコンピュータでファイルを共有できる 2. ユーザー登録が１台のコンピュータで可能 3. ジョブのキューにいつでもジョブを投入可能 4. ジョブスケジューラが、キューのジョブを、空いているコンピュータで自動実行する 5....