HPC・科学計算
GPU化の前に、CPUだけで約19.3倍高速化：近畿大学の研究用Fortranコード最適化事例
近畿大学の研究用Fortranコードを、Intel oneAPI MKL、OpenMP、計算条件間の依存関係を保った並列分割、CPUコアとメモリの配置、出力統合の改善により、同一40コア環境で399.60秒から20.73秒へ、約19.3倍高速化した事例です。
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HPC・科学計算の記事一覧
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今年４月にリリースされたubuntu 24.04 LTSを使いHPC Clusterを構築する
この記事は未完成です。完成まで少しお待ちください。 今年４月にリリースされたUbuntu 24.04 LTSを使いHPC Clusterを構築します。この記事を書くに至った理由は次のとおりです。 私のお客様でHPC Clusterをお使いの方は何人かいらっしゃいますが、その中にCentOS 6.3の時代にHPC...
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SlurmをインストールしてGPU使用のジョブをスケジューリングする
以前の記事ではGPUがない場合の、Slurmのインストールと設定と使用方法を解説しましたが、この記事では8GPUのサーバーにSlurmのインストールと設定を行います。設定ファイルの自動生成のスクリプトの紹介も行っていますので、これを使えばGPUサーバーでのSlurmの設定も簡単に行うことができます。その後、tf...
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JOB Scheduler Slurmのインストールと使い方
JOB Schedulerの中でHPC環境で非常に人気のあるSlurmのインストールlと設定を行い、Intel MPIのジョブを流してみます。OSはUbuntu...
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Intel oneAPIをインストールしてIntel MPIを使う
IntelのMPIはFreeのOpenMPIなどに比べて高性能と言われてきました。しかし少し前まではIntel MPIは有償でそれなりに高額なので、OpenMPIとの性能差を気軽に確かめることはできませんでした。現在は無償でダウンローと可能なintel oneAPIの中にIntel...
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Genoa２ノードInfinibandクラスター
AMDの最新CPU、Genoaを搭載する２台のサーバーに200GbpsのInfinibandカードを搭載し、Infinibandクラスターを構築した。Infiniband Driverをインストールし、Subnet...
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Virtual HPC Cluster USBの使い方
本Blogで連載の「HPC Cluster構築」の手順に従って作成した、Virtual HPC Cluster USBの使い方を説明します。 USBメモリをノートPC、デスクトップPC、ワークステーション、サーバーなどに差し込んで、Boot Deviceとして選択して立ち上げます。
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プレゼント: Virtual HPC Cluster USB （第28回計算工学講演会にて）
Virtual HPC Cluster USBを第28回計算工学講演会（つくば国際会議場）でアンケート記入で無料プレゼントします。
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HPCクラスター構築（その10）最終回
これまでHPC Clusterの構築方法と簡単な使い方を解説してきましたが、Virtualbox上でのことでした。Virtualboxでは所詮１台のコンピュータ上で仮想のクラスターをシミュレーションしているので、性能などには限界があります。Real...
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HPCクラスター構築（その9）
MPIプログラムを複数ノードを使って実行させる場合、hostfileの作成や、またどのノードが何コア空いているかを調べたりするのに、手間と時間がかかり、思いついてパッと実行することができません。しかし、ジョブスケジューラを使えば、準備やチェックが全く不要で、直ぐにジョブの投入が可能です。今回は姫野ベンチのMPIバージョ
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HPCクラスター構築（その8）
これまでの連載でhpcクラスターを構成するために必要なソフトウェアのインストールと設定は全て終わりました。 現在のところhpcクラスターを構成するノードはhpc01とhpc02の２台だけですが、hpc02をクローンして幾つかのファイルを修正すれば、ノードを増やすことができます。 ...
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HPCクラスター構築（その7）
ジョブスケジューラのインストールと設定を行います。クラスターがバラバラのPC/サーバに比べて非常に便利な点に、ジョブスケジューラが使えることがあります。プログラムのパラメータや入力ファイルを少しづつ変えて、たくさん流してその結果を比較したい場合など、プログラムを多数実行したい場合は多々あります。以下では、それらのプログ