研究ノート

研究ノートの記事一覧

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GROMACS 溶媒和ΔGをGPUで回す:λ窓並列で意思決定を前倒し(A100実測→H200 NVLへ)

GROMACS 溶媒和ΔGをGPUで回す:λ窓並列で意思決定を前倒し(A100実測→H200 NVLへ) 前提(ここが大事) このページの数値は A100 80GB×4 での実測です。 販売対象の H200 NVL(1/4/8GPU) でも同じ考え方で、 「λ窓(+replica/複数案件)を並列化して、壁時計を短縮」 できます。 H200 NVL向けには、お客様の系・条件に合わせて PoCで実測値を提示 します。 結論(先に要点) 同じΔGを再現 :A100とH100で溶媒和ΔGは誤差内で一致(計算として妥当) A100→H100で壁時計短縮 :4GP

By Kenetsu Hanabusa

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LLZO粒界のLi-rich仮説を“支持”できた。だからこそGPUで仮説検証を高速に回す価値がある

LLZO粒界のLi-rich仮説を“支持”できた。だからこそGPUで仮説検証を高速に回す価値がある 先に全体像を見たい方へ: LLZO Fast-charge bottleneck map に、bulk / grain boundary / interface をまたいだ比較と、現時点での canonical な fixed stack をまとめています。 結論だけ先に :今回の検証は、 「LLZOの粒界(GB)がLi-richになりやすい」傾向は“見えた(仮説を支持する方向)” (Li濃度ピーク比 ≈ 3.14× 、過剰面密度 Γ ≈ 15.0 #/n

By Kenetsu Hanabusa

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Research Note Ep0: LLZO + Li + ML-IAP + Allegro

Research Note Ep0: LLZO + Li + ML-IAP + Allegro このページは notes(MkDocs)版へ移行中です。 TL;DR LLZO短絡問題に対し、 QE × ML-IAP(Allegro/NequIP) × LAMMPS で「再現可能に回る」ワークフローを作る導入編です。 DeepMD系ワークフローを土台にしつつ、 E(3)等価 なモデル(Allegro)へ移行する理由と評価観点を整理します。 まずは 粒界(grain boundary)でのLi偏析・局在 を前駆現象として定量化し、後続で界面シナリオへ接続しま

By Kenetsu Hanabusa

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H200 NVL: Li/LLZO DOS(Quantum ESPRESSO)

H200 NVL: Li/LLZO DOS(Quantum ESPRESSO) このページは notes(MkDocs)版へ移行中です。 TL;DR QEで SCF/NSCF → DOS を回す手順を、H200 NVL 前提で「再現できる形」に整理します。 GPU計算では 環境差(ドライバ/CUDA/ライブラリ) が効きやすいので、まずは最小の確認ポイントを押さえるのが近道です。 DOSは「計算が合っているか」の sanity check にも使えます(電子状態の差分が見える)。 このページで得られること QEでDOSを出す最小手順(何を揃えればOKか)

By Kenetsu Hanabusa

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Ep2: QE GPU + Allegro training(H200 NVL)

Ep2: QE GPU + Allegro training(H200 NVL) このページは notes(MkDocs)版へ移行中です。 TL;DR H200 NVL 環境で QE(DFT)をGPU実行 し、得られたデータで Allegro/NequIP を学習 する流れを「再現できる形」に整理します。 つまずきやすいのは 環境差(ドライバ/ライブラリ/ビルド条件) と データ整形(学習フォーマット) です。ここでは最小の確認ポイントをまとめます。 「学習の反復を速く回す」なら 8GPU、「まず運用を固めて回す」なら 4GPU が合いやすい(最終は要件

By Kenetsu Hanabusa

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Ep1: LLZO/Li interface(DFT + ML-IAP + Allegro)

Ep1: LLZO/Li interface(DFT + ML-IAP + Allegro) このページは notes(MkDocs)版へ移行中です。 TL;DR LLZO/Li 界面を題材に、 QE(DFT)→ 学習データ → Allegro/NequIP 学習 → 推論/AI-MD へ繋ぐ「界面編」です。 つまずきやすいのは 界面モデルの作り方(構造の整合) と 学習データのバランス(界面/バルク/欠陥など) です。 まずは「小さく完走する」最小構成を作り、必要に応じてサンプル数・バリエーションを増やします。 このページで得られること 界面(inte

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